Karma yöntem çalışmalarında teori kullanımı, nicel teori testi ve doğrulamasında olduğu gibi tümdengelimsel veya nitel bir teori veya modelde olduğu gibi tümevarımsal olarak karşımıza çıkar. Bir sosyal bilim veya sağlık bilimi teorisi, araştırmaya yönelik nicel veya nitel bir yaklaşımda test edilecek bir çerçeve olarak kullanılabilir. Karma yöntem araştırmalarında teori hakkında düşünmenin bir başka yolu da çalışmaya rehberlik edecek teorik bir mercek ya da bakış açısıdır. Cinsiyet, ırk, etnik köken, engellilik, cinsel yönelim ve diğer çeşitlilik temellerini incelemek için bir mercek kullanan karma yöntem tasarımlarını işe koşan çalışmalar da ortaya çıkmaya başlamıştır (Mertens, 2003).
Tarihsel olarak bakıldığında, karma yöntem araştırmalarında teorik bir mercek kullanma fikri Greene ve Caracelli (1997) tarafından dile getirilmiştir. Dönüşümsel bir tasarımın kullanımını karma yöntem araştırmasının farklı bir biçimi olarak tanımlamışlardır. Bu tasarım, katılımcı eylem araştırmasında olduğu gibi değer temelli, eylem odaklı araştırmalara ve güçlendirme yaklaşımlarına öncelik vermiştir. Bu tasarımda, farklı geleneklerin değerlere bağlılıklarının karıştırılmasını (örneğin, nicelden önyargısız ve nitelden önyargı yüklü), çeşitli yöntemlerin kullanılmasını ve eylem ve çözümlere odaklanılmasını önerdiler. Bu fikirlerin karma yöntem araştırması pratiğinde uygulanması başka yazarlar tarafından da ileriye taşınmıştır.
