Istraživači koji se bave kvalitativnim istraživanjem koriste teoriju u svojim studijama na više načina. Prvo, kao i u kvantitativnim istraživanjima, teorija se koristi kao uopšteno objašnjenje ponašanja i stavova i može se upotpuniti varijablama, konstrukcijama i hipotezama. Na primer, etnografi za proučavanje u svojim kvalitativnim projektima koriste teme iz oblasti kulture ili „aspekte kulture“ (Wolcott, 1999, str. 113), kao što su društvena kontrola, jezik, stabilnost i promene, ili društvene organizacije, kao što su srodstvo ili porodice. Teme u ovom kontekstu predstavljaju gotov skup hipoteza, formulisanih na osnovu literature, koje treba testirati. Iako ih istraživači možda ne nazivaju teorijama, one pružaju uopšteno objašnjenje koje antropolozi koriste za proučavanje ponašanja i stavova ljudi koji dele istu kulturu.
Drugo, istraživači sve više koriste teorijski okvir ili perspektivu u kvalitativnim istraživanjima, koji predstavlja sveobuhvatan orijentacioni okvir za proučavanje pitanja pola, klase i rase (ili drugih pitanja marginalizovanih grupa). Ovaj okvir postaje perspektivu koja oblikuje vrste pitanja koja se postavljaju, usmerava način na koji se podaci prikupljaju i analiziraju i pruža poziv na akciju ili promenu.
Kvalitativno istraživanje je tokom 1980-ih godina pretrpelo transformaciju kako bi proširilo svoj obim istraživanja i obuhvatilo ovakve teorijske okvire. Oni usmeravaju istraživače u pogledu pitanja koja su važna za istraživanje (npr. marginalizacija, osnaživanje) i ljudi koje treba proučavati (npr. žene, beskućnici, manjinske grupe). Takođe, ukazuju na to kako se istraživač pozicionira u kvalitativnoj studiji (npr. neformalno ili pristrasno u pogledu ličnog, kulturnog i istorijskog konteksta) i kako treba napisati konačne pisane izveštaje (npr. bez daljeg marginalizovanja pojedinaca, u saradnji sa učesnicima). U kritičkim etnografskim studijama, istraživači polaze od teorije koja usmerava njihovo istraživanje. Ova kauzalna teorija može biti teorija emancipacije ili represije (Thomas, 1993). Kresvel (Creswell, 2007) daje spisak nekih od tih kvalitativnih teorijskih perspektiva koje su dostupne istraživačima, a to su:
Rosman i Relis (Rossman and Rallis, 1998) objašnjavaju smisao teorije kao kritičke i postmoderne perspektive u kvalitativnom istraživanju. Krajem 20. veka, tradicionalna društvena nauka bila je pod sve većim nadzorom i napadom jer su oni koji su zastupali kritičku i postmodernu perspektivu doveli u pitanje objektivističke pretpostavke i tradicionalne norme za sprovođenje istraživanja. U središtu ovog napada bila su četiri međusobno povezana mišljenja:
Treće, od ove teorijske orijentacije razlikuju su kvalitativne studije u kojima teorija (ili neko drugo široko objašnjenje) postaje krajnja tačka. To je induktivni proces dolaženja od podataka do širokih tema, do generalizovanog modela ili teorije (Punch, 2005). Istraživač polazi od prikupljanja detaljnih informacija od učesnika, a zatim transformiše ove informacije u kategorije ili teme. Ove teme se razvijaju u široke obrasce, teorije ili generalizacije, koje se zatim porede sa ličnim iskustvima ili sa literaturom koja postoji o toj temi. Razvijanje tema i kategorija u obrasce, teorije ili generalizacije nagoveštava različite ishode kvalitativnih studija. Na primer, u studiji slučaja, Stejk (Stake, 1995, str. 86) tvrdnju posmatra kao propozicionu generalizaciju – istraživačev sažetak interpretacija i tvrdnji, kome se dodaju lična iskustva istraživača, naziva se „naturalistička generalizacija“. Još jedan primer predstavlja utemeljena teorija, koja pruža različite krajnje tačke. Ispitivači se nadaju da će otkriti teoriju koja je zasnovana na informacijama prikupljenim od učesnika (Strauss & Corbin, 1998). Linkoln i Guba (Lincoln and Guba, 1985) „teorije obrazaca“ posmatraju kao objašnjenja koja se razvijaju tokom naturalističkog ili kvalitativnog istraživanja. Umesto deduktivnog oblika koji je zastupljen u kvantitativnim studijama, ove teorije obrazaca ili generalizacije predstavljaju međusobno povezane misli ili delove povezane sa celinom.
Najzad, neke kvalitativne studije ne koriste nikakvu eksplicitnu teoriju. Međutim, može se reći da nijedna kvalitativna studija ne počinje od čistog posmatranja, već prethodna konceptualna struktura sastavljena od teorije i metode predstavlja polaznu tačku za sva posmatranja (Schwandt, 1993). Ipak, može se naići na kvalitativne studije koje ne sadrže eksplicitnu teorijsku orijentaciju, kao što je fenomenologija, u kojoj istraživači pokušavaju da izgrade suštinu iskustva učesnika (Riemen, 1986). U ovim studijama, istraživač konstruiše bogat, detaljan opis centralnog fenomena.