Folosirea teoriei în studiile cu metode mixte poate include teoria în mod deductiv, ca în testarea și verificarea teoriei cantitative , sau inductiv, ca într-o teorie sau model calitativ în curs de dezvoltare. O teorie a științelor sociale sau a sănătății poate fi folosită ca un cadru pentru a fi testat într-o abordare cantitativă sau calitativă a anchetei. Un alt mod de a gândi teoria în cercetarea cu metode mixte este ca o lentilă teoretică sau o perspectivă pentru a ghida studiul. Încep să apară studii care utilizează modele de metode mixte folosind o lentilă pentru a studia genul, rasa sau etnia, dizabilitățile, orientarea sexuală și alte baze ale diversității (Mertens, 2003).
Din punct de vedere istoric, ideea utilizării unei lentile teoretice în cercetarea cu metode mixte a fost menționată de Greene și Caracelli (1997). Ei au identificat utilizarea unui design transformator ca o formă distinctă de cercetare a metodelor mixte. Acest design a dat întâietate cercetării bazate pe valori, orientate spre acțiune, cum ar fi cercetarea participativă și abordările de abilitare. În acest design, ei au sugerat amestecarea angajamentelor valorice ale diferitelor tradiții (de exemplu, lipsite de părtinire de la cantitativ și încărcate de părtinire de calitativ), utilizarea diferitelor metode și concentrarea asupra acțiunii și soluțiilor. Implementarea acestor idei în practica cercetării prin metode mixte a fost dusă mai departe de alți autori.
