Os pesquisadores qualitativos usam a teoria em seus estudos de várias maneiras. Primeiro, como na pesquisa quantitativa, é usado como uma explicação ampla para comportamentos e atitudes, e pode ser completo com variáveis, construtos e hipóteses. Por exemplo, os etnógrafos empregam temas culturais ou 'aspetos da cultura' (Wolcott, 1999, p. 113) para estudar em seus projetos qualitativos, como controle social, linguagem, estabilidade e mudança, ou sistemas de organização social, como parentesco ou famílias. Os temas neste contexto fornecem uma série pronta de hipóteses da literatura a serem testadas. Embora os pesquisadores possam não se referir a eles como teorias, eles fornecem explicações amplas que os antropólogos usam para estudar o comportamento e as atitudes de compartilhamento de cultura das pessoas.
Em segundo lugar, os pesquisadores usam cada vez mais uma lente teórica ou perspetiva na pesquisa qualitativa, que fornece uma lente orientadora geral para o estudo de questões de gênero, classe e raça (ou outras questões de grupos marginalizados). Esta lente torna-se uma perspetiva de defesa que molda os tipos de perguntas feitas, informa como os dados são coletados e analisados e fornece um apelo para ação ou mudança.
A pesquisa qualitativa da década de 1980 sofreu uma transformação para ampliar seu escopo de investigação para incluir essas lentes teóricas. Eles orientam os pesquisadores sobre quais questões são importantes examinar (por exemplo, marginalização, empoderamento) e as pessoas que precisam ser estudadas (por exemplo, mulheres, sem-teto, grupos minoritários). Eles também indicam como o pesquisador se posiciona no estudo qualitativo (por exemplo, à frente ou tendencioso de contextos pessoais, culturais e históricos) e como os relatos escritos finais precisam ser escritos (por exemplo, sem marginalizar ainda mais os indivíduos, colaborando com os participantes). Nos estudos etnográficos críticos, os pesquisadores começam com uma teoria que informa seus estudos. Esta teoria causal pode ser de emancipação ou repressão (Thomas, 1993). Creswell (2007) fornece uma lista de algumas dessas perspetivas teóricas qualitativas disponíveis para o pesquisador, que incluem o seguinte:
Rossman e Rallis (1998) captam o sentido da teoria como perspetivas críticas e pós-modernas na investigação qualitativa. No final do século 20, a ciência social tradicional passou a ser cada vez mais escrutinada e atacada, à medida que aqueles que defendiam perspetivas críticas e pós-modernas desafiavam os pressupostos objetivistas e as normas tradicionais para a condução da pesquisa. No centro deste ataque estão quatro noções inter-relacionadas:
Em terceiro lugar, distinguem-se desta orientação teórica os estudos qualitativos em que a teoria (ou alguma outra explicação ampla) se torna o ponto final. É um processo indutivo de construção de dados para temas amplos, para um modelo ou teoria generalizada (Punch, 2005). O pesquisador começa coletando informações detalhadas dos participantes e, em seguida, transforma essas informações em categorias ou temas. Esses temas são desenvolvidos em padrões amplos, teorias ou generalizações, que são então comparados com experiências pessoais ou com a literatura que existe sobre o tema. O desenvolvimento de temas e categorias em padrões, teorias ou generalizações sugere pontos finais variados para estudos qualitativos. Por exemplo, na pesquisa de estudo de caso, Stake (1995, p. 86) refere-se a uma asserção como uma generalização proposicional – o resumo de interpretações e afirmações do pesquisador, ao qual são adicionadas as próprias experiências pessoais do pesquisador, é chamado de "generalizações naturalistas". Como outro exemplo, a teoria fundamentada fornece diferentes pontos finais. Os investigadores esperam descobrir uma teoria que se baseie em informações recolhidas dos participantes (Strauss & Corbin, 1998). Lincoln e Guba (1985) referem-se às 'teorias dos padrões' como explicações que se desenvolvem durante a pesquisa naturalista ou qualitativa. Em vez da forma dedutiva encontrada em estudos quantitativos, essas teorias de padrões ou generalizações representam pensamentos interconectados ou partes ligadas a um todo.
Finalmente, alguns estudos qualitativos não empregam nenhuma teoria explícita. No entanto, pode-se argumentar que nenhum estudo qualitativo parte da observação pura, e que a estrutura conceitual anterior composta de teoria e método fornece o ponto de partida para todas as observações (Schwandt, 1993). Ainda assim, observam-se estudos qualitativos que não contêm orientação teórica explícita, como na fenomenologia, em que os inquiridores tentam construir a essência da experiência a partir dos participantes (Riemen, 1986). Nesses estudos, o inquiridor constrói uma descrição rica e detalhada de um fenômeno central.