Използването на теорията в проучванията със смесени методи може да включва теория по дедуктивен път, както при тестването и проверката на количествена теория, или по индуктивен път, както при възникваща качествена теория или модел. Теория в областта на социалните или здравните науки може да се използва като рамка, която да бъде проверена при количествен или качествен подход към изследването. Друг начин да се мисли за теорията в изследването със смесени методи е като за теоретична леща или перспектива, която направлява изследването. Започват да се появяват изследвания, в които се използват дизайни със смесени методи, като се използва обектив за изследване на пола, расата или етническата принадлежност, уврежданията, сексуалната ориентация и други основи на разнообразието (Mertens, 2003).
Исторически погледнато, идеята за използване на теоретична леща в изследванията със смесени методи е спомената от Greene и Caracelli (1997 г.). Те определят използването на трансформиращ дизайн като отделна форма на изследване със смесени методи. Този дизайн дава предимство на основаните на ценности, ориентирани към действия изследвания, като например в изследванията с участие на действията и подходите за овластяване. При този дизайн те предлагат смесване на ценностните ангажименти на различните традиции (например безпристрастност при количествените и натовареност с пристрастия при качествените), използване на разнообразни методи и съсредоточаване върху действието и решенията. Прилагането на тези идеи в практиката на изследванията със смесени методи е продължено от други автори.
